La iglesia colegiata de Santa María es la fábrica más lujosa de Roncesvalles y el mejor ejemplo navarro del gótico, no sólo francés, sino del más puro de l’Île de France. Acoge una preciosa imagen de la Virgen del siglo XIV. El templo actual se construyó gracias a Sancho VII «el Fuerte» (1194–1234), quien lo eligió como lugar de enterramiento. No hay datos concretos sobre las fechas de la construcción de la iglesia, pero se sabe que fue a principios del siglo XIII, entre 1215 y 1221.
La Colegiata sufrió importantes desperfectos, ocasionados principalmente por varios incendios ocurridos en 1445, 1468 y 1626. A comienzos del siglo XVII, su estado de deterioro y casi abandono propició su reconstrucción, que abarcó todo el recinto colegial, especialmente a la iglesia y al claustro. Se enmascaró el interior gótico y se le dio forma barroca salvo en el presbiterio y el tramo de nave que le precede, donde quedaron a la vista los elementos góticos.
